Из под root`а открываем и правим файл /etc/X11/xorg.conf. Добавляем строки в секцию InputDevice:

 ...
 Section "InputDevice"
    Identifier     "Generic Keyboard"
    Driver         "kbd"
    Option         "CoreKeyboard"
    Option         "XkbRules" "xorg"
    Option         "XkbModel" "pc104"             # указана "модель" клавиатуры
    Option         "XkbLayout" "us, ru(winkeys)"  # указаны раскладки, причём русская имеет тип "winkeys"
    Option         "XkbVariant" ","				
    Option         "XkbOptions" "grp:ctrl_shift_toggle,grp_led:scroll"
 EndSection
 ...

grp:ctrl_shift_toggle - комбинация для переключения "Ctrl+Shift", для "Alt+Shift" применяется grp:alt_shift_toggle
grp_led:scroll - при включении альтернативной раскладки "зажечь" индикатор "ScrollLock"

Если при установке дистрибутива была выбрана русская раскладка клавиатуры и вариант установки с иксами, то инсталлятор, не создаёт xorg.conf, но вместе со всем устанавливает пакет 'kbd', конфигурация которого хранится в файле: /etc/default/keyboard . В дальнейшем, можно конфигурацию раскладки проводить через этот файл и эти настройки будут влиять и на консоль и на иксы. При этом прописывать опции в xorg.conf не обязательно. Примерно так выглядит конфиг /etc/default/keyboard :

 
# Check /usr/share/doc/keyboard-configuration/README.Debian for
# documentation on what to do after having modified this file.

# The following variables describe your keyboard and can have the same
# values as the XkbModel, XkbLayout, XkbVariant and XkbOptions options
# in /etc/X11/xorg.conf.

XKBMODEL="pc105"
XKBLAYOUT="us,ru"
XKBVARIANT=","
XKBOPTIONS="grp:ctrl_shift_toggle,grp_led:scroll"

# If you don't want to use the XKB layout on the console, you can
# specify an alternative keymap.  Make sure it will be accessible
# before /usr is mounted.
# KMAP=/etc/console-setup/defkeymap.kmap.gz

Как видно, здесь те же опции в контексте управления раскладками, что и в xorg.conf.

По каким-то причинам, запуск GDM игнорирует настройки xorg.conf, в этом случае нужно настраивать раскладки в самом менеджере окон.
Для среды Gnome: входим в систему, переходим на "Система" → "Параметры" → "Клавиатура". Откроется окно "Параметры клавиатуры". Далее переходим на вкладку "Раскладки". Выбираем "Модель клавиатуры" и жмём на "Добавить…":

Появится окно с изображением клавиатуры. Нужно выбрать Страна: Российская Федерация, Варианты: Россия. Далее возвращаемся к предыдущему окну и нажимаем на Параметры… для установки комбинации клавиш смены раскладки. Появится окно "Параметры раскладки". Переходим на пункт Клавиша(ы) для смены раскладки и выбираем привычную комбинацию:

Теперь осталось протестировать как работает переключение - переходим назад к окну "Параметры клавиатуры", ставим курсор на "Поле для проверки параметров" и пробуем что-нибудь набрать с применением обоих раскладок:

На этом настройка закончена. Возле часов появится значёк раскладок:

• Обсуждение статьи на форуме